ทาคามาจิ นาโนฮะ เด็กป.3 ได้พบกับ ยูโน่ นักเวทย์จากโลกต่างมิติ ซึ่งกำลังตามเก็บจูเวลซี้ด แต่เสียท่าศัตรูจนสะบักสะบอม
ทำให้ได้ค้นพบพลังเวทย์ที่ยิ่งใหญ่ในตัวของนาโนฮะ และนาโนฮะก็เลือกที่จะใช้พลังเวทย์เพื่อปกป้องผู้คน
ซึ่งเป็นภาระอันใหญ่ยิ่งเหลือเกินสำหรับเด็กป.3 แต่กระนั้นเธอก็ยังไม่ย่อท้อ และยังคงตามเก็บจูเวลซี้ดเพื่อช่วยยูโน่ต่อไป
จนกระทั่งวันหนึ่ง เธอได้พบกับสาวน้อยจอมเวทย์อีกคนที่ชื่อ เฟท เทสทารอสซ่า ซึ่งตามเก็บจูเวลซี้ดเพื่อแม่ของเธอ ทำให้สาวน้อยทั้งสองต้องมาห้ำหั่นกัน